KoAGI 조직도: 본부에는 전략기획부, 행정관리부, 사업기획개발부가 있고, 산하기관으로 백두대간수목원, 세종수목원, 한국토종식물수목원, 한국국가정원문화센터, 백두대간글로벌종자보관소가 있으며, 백두대간수목원에는 수목원관리부, 수목원서비스부, 산림바이오자원부가 있고, 세종수목원에는 수목원관리부, 수목원서비스부, 도시생물다양성부가 있다.